El Palacio Municipal es un símbolo casi inmediato de la ciudad, por lo que es difícil de creer que durante el periodo de 1878 a 1945 no haya existido una casa oficial para el Ayuntamiento, pero así fue.
La historia del Palacio Municipal está ligada de forma intrínseca a la del Palacio de Gobierno, el cual fue inaugurado el 10 de septiembre 1859 como sede del aparato municipal cuando Ignacio Pesqueira García era gobernador de Sonora.
El terreno fue comprado al señor Manuel Íñigo, un comerciante muy rico de San Miguel de Horcasitas, y en el edificio se encontraba la cárcel municipal, Presidencia, Tesorería y Protección y Vigilancia.
En el año 1878, el Gobierno del Estado prácticamente le compró al Ayuntamiento la casa municipal para construir el Palacio de Gobierno y a partir de entonces las oficinas del municipio estuvieron deambulando en el sector centro de la ciudad por décadas.
No fue sino hasta mitad del siglo XX cuando el gobernador Abelardo L. Rodríguez decidió construir le un Palacio Municipal para el Ayuntamiento en las calles Comonfort entre Urrea (ahora bulevar Hidalgo) y callejón Velazco.
Deciden su construcción
Para ello se compraron diversas casas de esa manzana y en 1945, producto del ingenio del arquitecto Gustavo Aguilar, la casa del Gobierno municipal fue inaugurada el 20 de noviembre con un presupuesto de 72 mil 265 pesos.
Haciendo gala de un estilo art nouveau, originalmente el edificio fue usado para las oficinas del Ayuntamiento, sin embargo la construcción era tan grande que durante un tiempo algunas habitaciones se cedieron para que al Congreso del Estado sesionara.
Asimismo, el tercer piso fue usado por la Dirección de Obras Públicas del Estado, incluso el puente que se construyó para ligar ambos palacios por encima del callejón Velazco se hizo para que las dependencias del Estado que estaban en tal piso mantuvieran comunicación con la administración estatal.
En 1967, tras la revuelta estudiantil de aquella época, las puertas fueron cerradas de forma permanente, y sólo fueron abiertas de nuevo por un breve periodo en 2003 cuando el gobernador era Eduardo Bours y la alcaldesa María Dolores del Río.
Lamentablemente, las paredes del Palacio Municipal no han atestiguado hechos históricos trascendentes, dado que el Palacio de Gobierno lo opaca en todos los eventos.
No obstante esto no quiere decir que el palacio esté exento de anécdotas interesantes, como el atentado que sufrió el presidente municipal Casimiro Navarro Valenzuela, cuando dispararon hacia su oficina con intención de ultimarlo.